NAMD

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大規模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。NAMD用經驗力場，如Amber，CHARMM和Dreiding，通過數值求解運動方程計算原子軌跡，是眾多md軟件中并行處理最好的，可以支持幾千個cpu運算，在單機上速度也很快。